生物质锅炉跟一般锅炉一样，用的时间长便会发生水垢。水垢的危害或是不容小视的，先是耗费燃料，降低锅炉热效率，锅炉结有水垢时，使锅炉受热面的导热特点降低，燃料引燃所施放的热值不能传输到锅炉水中，许多的热值被粉尘带去，造成排风系统温度升高，排风系统热危害提高，锅炉的热效率降低。

其次，伤害锅炉安全系数运行，锅炉水垢常常产生在热负荷很高的锅炉受热表层。因水垢热传导特性很差，导致金属复合材料壁厚一部分温度极大地升高。当温度超出了金属所能担负的允许温度时。金属复合材料因过热而应力松弛，抗拉强度降低，在锅炉工作压力下，金属复合材料会发生起包，破孔和开裂，伤害生物质锅炉安全系数运行。而且水垢会降低锅炉负荷；锅炉结垢后，由于传热性降低，要达锅炉额定电流年降水量或额定电流产热值，务必多消耗燃料。但随着着结垢厚薄的提高，以及炉内容量的井式炉占地面积是固定不变的，燃料消耗受到限制，因此锅炉的负荷便会降低。